Сердце большинства пресмыкающихся, так же как земноводных, трехкамерное, желудочек разделен неполной перегородкой на две половины: венозную и артериальную. При сокращении желудочка его перегородка, прикрепленная к брюшной стенке, доходит до спинной стенки желудочка.
Разделению потоков крови у пресмыкающихся способствует также распадение общего артериального ствола на три самостоятельных сосуда: легочную артерию, правую и левую дуги аорты. Каждая дуга аорты огибает пищевод, после чего они соединяются в единую спинную аорту.
Спинная аорта проходит от сердца назад, от неё ответвляются артерии ко всем органам. От правой дуги аорты, которая выходит из левого артериального желудочка, ответвляются общим стволом правая и левая сонные артерии, от правой дуги отходят и обе подключичные артерии, доставляющие кровь к передним конечностям.
У некоторых пресмыкающихся кровообращение имеет некоторые особенности. Например, у крокодилов, полного разделения артериальной и венозной крови нет: эти два потока смешиваются в спинной аорте.
