Органы дыхания пресмыкающихся соединяются с окружающей средой при помощи хорошо развитых дыхательных путей. От гортани отходит длинная дыхательная трубка (трахея), которая поддерживается большим количеством хрящевых колец. Далее трахея разделяется на две трубки (бронхи), каждая из которых ведёт в легкое.
Легкие рептилий разрастаются вперед в виде выступов по бокам от бронхов, благодаря чему путь воздуха в легкие становится более извилистым. Лёгкие пресмыкающихся имеют более губчатое строение, чем у земноводных, и большую площадь дыхательной поверхности. Последнее достигается благодаря уменьшению внутренней полости, которая вытесняется перекладинами, отходящими от спинной и брюшной поверхности.
Перекладины имеют подобное стенкам лёгких ячеистое строение и богаты кровеносными сосудами. От каждой перегородки, разделяющей легкие на камеры, отходят перекладины, разбивающие каждую из этих камер на более мелкие участки. Внутренними краями этих перекладин образуются бронхи второго порядка.
Механизм дыхания рептилий отличается от механизма земноводных благодаря наличию рёбер. Вдох и выдох у них производится специальными дыхательными мышцами и благодаря подвижному сочленению ребер как с позвоночником, так и с грудиной. Вентиляция легких у пресмыкающихся достигает значительно большей интенсивности.
Особенность строения пресмыкающихся в том, что для выдоха воздуха из лёгких и движения ими используются одни и те же мышцы. Это мешает рептилиям правильно дышать при быстром передвижении. Данное обстоятельство усугубляется тем, что активно передвигаясь, ящерица потребляет много кислорода. Именно поэтому на бегу дыхание пресмыкающихся учащается, а количество вдыхаемого воздуха уменьшается. Данная особенность заставляет рептилий бегать в среднем темпе. В спокойном же состоянии хладнокровные рептилии делают примерно один полный вдох и один выдох в минуту.
Ещё более интересно дыхание рептилий, обитающих в воде. Ноздри их обычно помещаются на самом кончике носа и снабжены клапанами. Это позволяет им дышать, не высовываясь полностью из воды, а лишь выставив наружу нос. Когда рептилия ныряет, носовые клапаны закрываются. Пресмыкающиеся способны задерживать дыхание на различные промежутки времени: от нескольких минут до нескольких часов. Некоторые рептилии имеют особую слизистую оболочку, которая богато снабжена кровеносными сосудами. Она позволяет им подобно рыбам извлекать из воды растворённый в ней кислород.
