Было ли время, когда на Земле не было кислорода?

Да. На ранней Земле свободного молекулярного кислорода в атмосфере было очень мало. При этом её состав нельзя свести только к метану, аммиаку и водороду: значительную роль играли азот, углекислый газ, водяной пар и вулканические газы, а состав атмосферы неоднократно менялся.
Кислород начал накапливаться благодаря кислородному фотосинтезу микроорганизмов, прежде всего цианобактерий. Долгое время выделяемый кислород расходовался на окисление растворённого железа, вулканических газов и горных пород. Резкое и устойчивое увеличение содержания кислорода в атмосфере произошло примерно 2,4 млрд лет назад и известно как Великое кислородное событие.
Сегодня главным компонентом атмосферы является не кислород, а азот: кислород составляет около одной пятой её объёма.
