Все рыбы относятся к типу хордовых. Выделяют также два подтипа бесчерепных (Acrania) и черепных (Craniata), или позвоночных. Эти два подтипа разделяются на несколько подклассов и отрядов.
- Подтип Acrania (бесчерепные)
- Класс Cephalochordata (головохордовые)
- Отряд Branchiostomoidea (ланцетники)
- Подтип Craniata (черепные)
- Надкласс Agnatha (бесчелюстные)
- Класс Marsupobranchii (мешкожаберные)
- Отряд Petromyzonoidea (миноги)
- Класс Myxini (миксины)
- Отряд Myxinoidea (миксины)
- Надкласс Gnathostomata (челюстнoротые)
- Класс Elasmobranchii (пластиножаберные)
- Подкласс Selachii (акулы и скаты)
- Надотряд Selachoidea (акулы)
- Отряд Heterodontoidea (разнозубообразные)
- Отряд Hexanchoidea (многожаберникообразные)
- Отряд Lamnoidea (ламнообразные)
- Отряд Squaloidea (катранообразные)
- Надотряд Hypotremata (скаты)
- Отряд Batoidea (скатообразные)
- Класс Holocephali (цельноголовые)
- Отряд Chimaeroidea (химерообразные)
- Класс Osteichthyes (костные рыбы)
- Подкласс Choanichthyes (хоановые)
- Отряд Dipnoidea (двоякодышащие)
- Отряд Crossopterygoidea (кистеперые)
- Подкласс Actinopterygii (лучеперые)
- Надотряд Chondrosteoidea (костнохрящевые)
- Отряд Cladistioidea (многоперообразные)
- Отряд Acipenceroidea (осетрообразные)
- Надотряд Holostei (костные ганоиды)
- Отряд Semionotoidea (панцирникообразные)
- Отряд Amioidea (амиеобразные)
- Надотряд Teleostei (костистые рыбы)
- Отряд Isospondyloidea (сельдеобразные, или мягкоперые)
- Отряд Esociformes (щукообразные)
- Отряд Bathyclupeoidea (глубоководные сельдеобразные)
- Отряд Mormyroidea (клюворылообразные)
- Отряд Ateleopoidea (ложнодолгохвостообразные)
- Отряд Gyanturoidea (гигантурообразные)
- Отряд Lyomeroidea (мешкоротообразные)
- Отряд Ostariophysoidea (карпообразные, или костнопузырные)
- Отряд Apodoidea (угреобразные)
- Отряд Heteromoidea (спиношипообразные)
- Отряд Synbranchioidea (слитножаберникообразные)
- Отряд Synentognathoidea (сарганообразные)
- Отряд Cyprinodontoidea (карпозубообразные)
- Отряд Salmopercoidea (перкопсообразные)
- Отряд Berycomorphoidea (бериксообразные)
- Отряд Zeomorphoidea (солнечникообразные)
- Отряд Anacanthoidea (трескообразные)
- Отряд Thoracostoidea (колюшкообразные)
- Отряд Solenichthyoidea (иглообразные)
- Отряд Allotriognathoidea (опахообразные)
- Отряд Percomorphoidea (окунеобразные)
- Отряд Scleropareioidea (скорпенообразные)
- Отряд Cephalacanthoidea (долгоперообразные)
- Отряд Hypostomosoidea (пегасообразные)
- Отряд Pleuronectoidea (камбалообразные)
- Отряд Icosteoidea (тряпичникообразные)
- Отряд Chaudhurioidea (чаудхуриевообразные)
- Отряд Mastocembeloidea (хоботнорылообразные)
- Отряд Discocephalioidea (прилипалообразные)
- Отряд Plectognathoidea (скалозубообразные)
- Отряд Gobiesociformes (присоскообразные)
- Отряд Bathrachoidea (жабообразные)
- Отряд Pediculatiformes (удильщикообразные)
