Пищеварительная система рептилий сходна с пищеварением земноводных. Желудок пресмыкающихся имеет толстые мышечные стенки. Между тонкой и толстой кишкой у пресмыкающихся располагается слаборазвитая слепая кишка. Большая печень рептилий содержит желчный пузырь. Имеется также поджелудочная железа, расположенная в петле двенадцатиперстной кишки.
Большинство пресмыкающихся — хищники. Крокодилы, морские и пресноводные черепахи питаются главным образом рыбами и беспозвоночными. Почти все виды ящериц питаются в основном насекомыми. Многие змеи поедают ящериц, более мелких змей, земноводных, мелких птиц и даже некоторых млекопитающих.
В связи с тем, что у большинства пресмыкающихся зубы не развиты для пережёвывания пищи (предназначены они в основном для её удерживания), их пищеварение адаптировано для переваривания добычи практически целиком. Строение тела и пищеварительных органов позволяют пресмыкающимся заглатывать добычу, во много раз превышающую их по размерам. Так, многие змеи могут переваривать свою добычу до нескольких дней.
