Органы размножения (яичники и семенники) пресмыкающихся сходны с аналогичными органами земноводных. Несколько изменённая форма яичников связана с большими размерами откладываемых рептилиями яиц. Яйцеводы пресмыкающихся отличаются от яйцеводов земноводных изменениями строения их стенок, выделяющих скорлуповую и белковую оболочки.
Размножение пресмыкающихся происходит на суше. Не являются исключением и ведущие в основном водный образ жизни крокодилы, морские змеи и черепахи. Оплодотворение у рептилий внутреннее. У большинства видов в период размножения наблюдается повышенная активность: нередки сражения самцов.
Большинство пресмыкающихся откладывает от 8 до 16 крупных яиц, покрытых кожистой или твердой известковой скорлупой. Яйца рептилии обычно откладывают в почву или в трещины скал и под кору деревьев (у ящериц). Продолжительность развития яиц зависит от температуры. Обычно температура в местах кладки составляет 20—30°С, а критическая температура для будущего потомства составляет 40ºС. В связи с этим обитатели пустынь откладывают яйца либо на глубине, либо в теневых местах.
Количество кладок в год различно у разных видов: у змей обычно только одна, у гекконов — две, у ящериц и черепах 3—4 и более. Число яиц в кладке зависит от их количества, размера яиц и возраста рептилии. В местах, где много животных, поедающих яйца, кладки охраняются родителями. Эта особенность развита в основном у крокодилов и некоторых видов змей. Питоны и вовсе «высиживают» своё потомство, обвивая кладку своим телом.
Среди пресмыкающихся довольно широко развито живорождение и яйцеживорождение. В последнем случае развитие также происходит в яйцах, но не отложенных, а в утробе животного. Примерами яйцеживородящих и живородящих рептилий являются настоящие ящерицы, живородящие ящерицы, гекконы и гадюки, а яйцекладущих – обыкновенный уж, прыткая ящерица и узорчатый полоз.
